Kreu i SPAK-ut, Arben Kraja, do to ketë një rol kyç në drejtimin administrativ te punonjësve të Prokurorisë se Posaçme. Megjithatë, ai nuk mund t'i japë udhëzime një prokurori të posaçëm lidhur me thelbin e hetimeve apo çështjes penale ndjekur prej tij. Pavarësisht kësaj, drejtuesi ka kompetenca te rëndësishme, pasi u cakton çështjet prokurorëve të posaçëm bazuar ne specializimin e tyre.
Kjo është një kompetencë që duhet ushtruar me shumë përgjegjshmëri, objektivitet dhe profesionalizëm, pasi çdo gabim apo caktim jo në mënyre të drejte i çështjeve te prokuroret, ndikon drejtpërsëdrejti në mënyrën sesi zhvillohen hetimet nga prokurori i çështjes. KSHH shkruan se organizimi brendshëm i Byrosë Kombëtare të Hetimit rregullohet nga urdhri i përbashkët i drejtorit te Byrosë Kombëtare të Hetimit dhe drejtuesit të Prokurorisë së Posaçme
Komisioni i përbërë nga drejtuesi i Prokurorisë së Posaçme dhe dy prokurorë ët posaçëm me më shumë vite eksperiencë pune si prokurorë, pas një procesi rekrutimi ,rekomandojnë një kandidat për drejtor të Byrosë Kombëtare të hetimit i cili emërohet nga Këshilli i Larte i Prokurorisë.
Byroja e Hetimit është strukturë hetimore në varësi të SPAK-ut, e cila do të trajnohet në Shtetet e Bashkuara të Amerikës dhe do të merret vetëm me çështjet e Prokurorisë së Posaçme, e konsideruar shpesh e ngjashme me FBI-në amerikane.